Stephanie verlieh ihm als gebildete und charmante Frau zusätzlichen Glanz, und das Paar wurde oft als "die deutschen Kennedys" bezeichnet. Doch im März 2011 stürzte zu Guttenberg über eine Plagiatsaffäre. Es wurde bekannt, dass er Teile seiner Doktorarbeit von 2007 nahezu wörtlich und ohne Quellenangabe abgeschrieben hatte. Er trat zurück, und Stephanie stand trotz vieler Anfeindungen zu ihm. Später sagte sie über diese Zeit: "Es war, als würde die Welt über mir zusammenbrechen. Ich war mit dieser Situation total überfordert." Das Paar zog in die USA, wo vor allem Karl-Theodor zu Guttenberg einen Neuanfang suchte. Später arbeitete er in Deutschland als Lobbyist, Berater und TV-Moderator an der Seite von Thomas Gottschalk. Trotz vieler Spekulationen schloss zu Guttenberg eine Rückkehr in die Politik stets aus.
Stephanie engagierte sich währenddessen im Kampf gegen sexuellen Kindesmissbrauch und setzte sich für die Internet-Aufklärung von Kindern ein. Zusätzlich übernahm sie die Schirmherrschaft über den Landesverband Bayern der Deutschen Multiple Sklerose Gesellschaft. Doch der Glanz ihrer frühen Jahre kehrte nie zurück, und ihre öffentlichen Auftritte wurden seltener. Ihr letzter gemeinsamer Auftritt fand im Mai bei der Hochzeit von Ludwig Prinz von Bayern (40) und Sophie-Alexandra Evekink (33) statt. Was zu diesem Zeitpunkt noch niemand wusste: Seit Monaten waren sie bereits kein Paar mehr.